De la microbiologie pour ceux qui ont les crocs
Explorer le microbiome vaginal
Que disent de vous les organismes microscopiques qui vivent sur votre corps ? Comment reflètent-ils votre histoire personnelle unique, les étapes de votre vie et vos choix ? Et comment ces microbes peuvent-ils affecter ou refléter votre santé ?
Des chercheurs de l’université d’Anvers, en Belgique, ont récemment publié une étude portant sur ces questions, et plus particulièrement sur les micro-organismes qui peuplent le vagin.
Qu’est-ce que le microbiome vaginal ?
Chaque surface du corps humain regorge de vie. De nombreuses espèces différentes de micro-organismes couvrent chaque centimètre et chaque crevasse de notre corps, à l’intérieur comme à l’extérieur. Cette collection de micro-organismes sur le corps d’un organisme plus grand est connue sous le nom de microbiome, et nous en avons tous un. De plus, chacun de nos microbiomes est aussi unique qu’une empreinte digitale. Personne ne possède exactement le même ensemble d’organismes dans son microbiome que vous.
Les différentes parties du corps hébergent également différents types de microbes dans des combinaisons différentes. Votre nez héberge probablement un ensemble d’organismes très différent de la base de votre gros orteil. Les chercheurs de cette étude récente voulaient mieux comprendre le microbiome du vagin, les types de micro-organismes qui l’habitent, la manière dont la composition du microbiome diffère d’une personne à l’autre et la manière dont les caractéristiques du microbiome vaginal peuvent être liées au mode de vie et à l’histoire personnelle d’une personne.
Les résultats ont montré que la composition du microbiome vaginal est liée à toute une série de facteurs, dont l’âge, l’accouchement, le statut de partenaire, le régime alimentaire et bien d’autres encore.
Une étude scientifique citoyenne ambitieuse
Cette étude de science citoyenne s’est appuyée sur des échantillons fournis par le grand public et a été baptisée “étude Isala”, en l’honneur du Dr Isala Van Diest, première femme médecin de Belgique. La plupart des participants venaient du nord de la Belgique et ont reçu des kits d’auto-échantillonnage leur permettant de prélever des échantillons vaginaux dans le confort de leur foyer. Cette étude était relativement importante par rapport à la plupart des études antérieures sur le microbiome vaginal, puisqu’elle a porté sur 3 345 participantes.
Une fois les échantillons obtenus, les chercheurs ont identifié les différents types de bactéries dans chaque échantillon en amplifiant et en séquençant les gènes ARNr 16S, présents dans toutes les bactéries. Pour être sûrs de leurs résultats, ils ont également séquencé les échantillons à l’aide d’une technique différente, le séquençage métagénomique shotgun, qui permet d’obtenir la séquence génétique complète de chaque gène de chaque organisme présent dans chaque échantillon.
Découverte de schémas dans les échantillons de microbiome vaginal
Des études antérieures sur le microbiome vaginal avaient séparé les microbiomes vaginaux en catégories discrètes appelées “Community State Types” (CST), en fonction des espèces bactériennes dominantes. Cependant, cette étude a observé que ces échantillons de microbiome pourraient être mieux compris comme se situant le long d’un spectre plutôt que dans des catégories distinctes.
Les bactéries du genre Lactobacillus sont connues depuis plusieurs décennies comme étant la catégorie dominante de micro-organismes dans le microbiome vaginal. Les résultats de cette étude confirment cette constatation et montrent que les bactéries du genre Lactobacillus sont dominantes dans 78 % des échantillons. La dominance des bactéries du genre Lactobacillus est connue pour indiquer ou être associée à une bonne santé vaginale.
Toutefois, les chercheurs qui ont mené cette étude ont constaté que les espèces spécifiques du genre Lactobacillus avaient tendance à covarier avec d’autres espèces de bactéries, ce qui signifie que les différentes espèces de Lactobacillus avaient tendance à être observées plus ou moins fréquemment avec d’autres espèces bactériennes qu’avec d’autres. Les chercheurs ont appelé “modules” les groupes de bactéries qui avaient tendance à covarier les uns avec les autres. Ils affirment que ces modules permettent de mieux décrire les différences entre les microbiomes que de les classer dans des catégories distinctes.
Par exemple, les chercheurs ont remarqué que dans les échantillons où l’espèce bactérienne Lactobacillus crispatus était l’espèce dominante, les espèces Lactobacillus jensenii et Limosilactobacillus avaient tendance à être plus souvent présentes. Ils ont appelé cela le module L. crispatus. En outre, dans les échantillons où Prevotella était présente, ils ont constaté une plus grande abondance de plus d’une douzaine d’autres espèces et ont nommé ce module Prevotella.
Le microbiome vaginal reflète le mode de vie et l’histoire personnelle
Outre les échantillons de microbiome vaginal, l’étude Isala a demandé aux participantes des informations sur leur mode de vie et leurs antécédents personnels, notamment leur âge, leur statut de partenaire, le fait d’avoir eu des enfants ou d’avoir été enceinte, la phase du cycle menstruel, l’activité sexuelle, le régime alimentaire, la consommation d’alcool et de drogues, etc.
Les chercheurs ont remarqué une tendance notable : les participantes à l’étude dont le microbiome contenait le module L. crispatus avaient tendance à présenter moins de symptômes vaginaux négatifs et des niveaux plus élevés d’œstrogènes, un marqueur de la santé vaginale et d’un âge plus jeune. Ce module était également plus répandu chez les participants en couple avec une femme.
En revanche, les femmes qui avaient donné naissance à des enfants avaient tendance à présenter des quantités réduites de bactéries du module L. crispatus, ainsi qu’une augmentation des types de bactéries connues pour être communes dans les microbiomes intestinaux des bébés.
Les chercheurs ont également observé des fréquences plus élevées du module Prevotella chez les sujets qui avaient eu récemment des rapports sexuels, qui étaient ménopausés ou qui se trouvaient dans la phase folliculaire de leur cycle menstruel.
Il reste encore beaucoup à faire
Ces informations précieuses sur le microbiome vaginal ne sont que le début des avantages offerts par cette étude. Les données recueillies par ces chercheurs pourront être comparées et analysées dans le cadre de futures études sur le microbiome vaginal.
L’étude Isala décrite dans cet article présente des lacunes qui empêchent les résultats de refléter pleinement la diversité du microbiome vaginal humain. Les participantes qui ont fourni leurs échantillons étaient toutes volontaires, et il est possible que celles qui étaient disposées à se porter volontaires étaient plus susceptibles d’être en bonne santé. Les participants devaient également parler le néerlandais et résidaient en Belgique, ce qui limite également la diversité des résultats.
Toutefois, des travaux sont déjà en cours pour remédier à certaines de ces limitations. Jusqu’à cette publication, les chercheurs de l’étude Isala ont fait preuve d’ouverture à l’égard de la communauté scientifique. Cela a encouragé la réalisation d’études similaires dans des communautés du monde entier, qui se sont collectivement baptisées “Isala Sisterhood” (confrérie Isala). Ces efforts plus récents ont été lancés sur plusieurs continents dans des régions éloignées et à faible revenu, qui n’étaient pas représentées auparavant dans la recherche sur le microbiome vaginal. Ces efforts supplémentaires ont été entrepris au Nigeria, au Cameroun, en Ouganda, au Pérou, en Suisse et dans d’autres pays encore, et ont bénéficié du soutien de l’étude initiale Isala.
D’autres études devront également être menées pour comprendre les associations trouvées dans cette enquête. Bien que ces chercheurs aient identifié des modules d’espèces bactériennes associées, on ne sait toujours pas pourquoi ces bactéries ont tendance à être présentes ensemble ou pourquoi elles sont en corrélation avec le mode de vie et les facteurs personnels des participants.
Article original: Lebeer, S., Ahannach, S., Gehrmann, T. et al. A citizen-science-enabled catalogue of the vaginal microbiome and associated factors. Nat Microbiol 8, 2183–2195 (2023). https://doi.org/10.1038/s41564-023-01500-0
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