De la microbiologie pour ceux qui ont les crocs
Journée mondiale du microbiome!
Les microbiomes ne sont pas seulement des microbiomes humains, un microbiome fait référence à des micro-organismes dans un environnement défini avec l’environnement lui-même (ISAPP).
Découvrez ce qu’est un microbiome par la Microbiology Society.
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Découvrez le microbiome sur MicroCrocs comme vous le voyez le microbiome ne touche pas que l’être humain!
Nous avons reçu de nombreuses questions de votre part ! Merci beaucoup pour votre intérêt pour la Journée mondiale du microbiome.
Y aura-t-il un remède contre le virus de l’herpès?
Le virus de l’herpès simplex (HSV) de types 1 et 2 est répandu. Ce sont des agents pathogènes humains importants causant des ulcères buccaux et génitaux et une fois que vous êtes infecté, ce virus restera en sommeil à l’intérieur de votre corps. Lorsqu’il est réactivé à partir de l’état de dormance, il peut à nouveau provoquer des lésions et des surfaces muqueuses. Jusqu’à présent, le traitement antiviral s’est concentré sur la réduction de la gravité des infections aiguës et la diminution de la fréquence de réactivation.
Des recherches récentes ont cependant montré que l’utilisation de techniques d’édition de gènes peut cibler directement le génome du virus dormant (CRISPR/Cas9, méganucléases ou enzymes similaires), perturbant leur fonction et éliminant ainsi la possibilité de réactivation virale et de pathogenèse. Jusqu’à présent, ces techniques ont été développées pour des modèles de souris, mais elles sont certainement prometteuses !
Quels sont les gènes qui contribuent à la résistance aux antibiotiques, et en particulier à la résistance à la vancomycine chez Staphylococcus aureus ?
Il existe de nombreuses façons pour les bactéries de résister aux antibiotiques, selon leur mode d’action. Certains antibiotiques vont inhiber la synthèse de la paroi cellulaire (pénicilline), d’autres perturbent l’intégrité de la membrane de la paroi cellulaire (lipopeptides), inhibent la synthèse des protéines en se liant aux ribosomes (chloramphénicol, tétracyclines), inhibent la synthèse des acides nucléiques (quinolones) ou inhibent les voies métaboliques (sulfonamides).
Les mécanismes de la résistance aux antimicrobiens, et donc les gènes qui leur sont associés, sont assez larges et peuvent être divisés en quatre catégories :
- Pomper les médicaments (pompes à efflux dans la membrane bactérienne qui pompent activement les toxines)
- Limiter l’absorption du médicament (paroi cellulaire épaisse, paroi cellulaire hydrophobe/hydrophile, diminution des canaux poriques, formation de biofilm)
- Modification de la cible du médicament (modification des sites de liaison du médicament afin qu’il ne puisse plus se fixer)
- Inactivation directe du médicament (dégradation directe du médicament, transfert d’un groupe chimique au médicament)
Ainsi, tout gène impliqué dans ces processus peut contribuer à une résistance accrue aux antibiotiques.
Les bactéries gram-positives résistantes aux médicaments telles que Staphylococcus aureus sont souvent traitées par des antibiotiques glycopeptidiques. Le glycopeptide prototype vancomycine est un produit naturel produit par l’Actinobactérie Amycolatopsis orientalis, et a été découvert dans les années 1950. Il se lie à un intermédiaire dans le processus de maturation de la couche de peptidoglycane, obstruant un processus important pour former une paroi cellulaire solide. Par la suite, cette liaison conduit à une enveloppe cellulaire compromise, entraînant un stress osmotique et un éclatement de la cellule. Les travaux de nombreux groupes de recherche ont conduit à la révélation d’un mécanisme de résistance unique, impliquant de nombreuses enzymes qui modifient la structure de base de l’enveloppe cellulaire. En bref, ces enzymes modifient la structure de liaison de la vancomycine sur le peptidoglycane, entraînant une diminution de 1000 fois de la liaison. Il y a 5 gènes de résistance de noyau impliqués dans ceci : vanHAX (3 gènes), vanR et vanS. Ces gènes, en combinaison avec d’autres protéines de Van, sont la principale cause de résistance à la vancomycine chez Staphylococcus aureus et d’autres bactéries gram-positives dangereuses provoquant des infections graves.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6604941/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31899563/
Les prébiotiques peuvent-ils nourrir les mauvaises bactéries dans notre intestin ? Et si non, alors pourquoi ?
L’association internationale de la société pour les probiotiques et les prébiotiques définie les prébiotiques comme : « un substrat qui est sélectivement utilisé par les micro-organismes hôtes conférant un avantage pour la santé » (1). Par conséquent, les prébiotiques par définition ne devraient pas favoriser les mauvaises bactéries dans notre intestin. Mais techniquement oui, les mauvaises bactéries peuvent aussi utiliser les prébiotiques comme nourriture (2), cependant, les prébiotiques ont tendance à faire prospérer les bonnes bactéries (comme Bifidobaterium spp. ou Bacteroides spp.) limitant la croissance des agents pathogènes en raison de leur production d’acide.
La prise d’un probiotique aide-t-elle réellement votre microbiote intestinal ?
L’effet des probiotiques a des preuves cliniques très limitées à ce jour. Pour avoir un statut probiotique, un seul essai clinique est nécessaire (1), ce qui limite les preuves et lorsque plusieurs essais sont réalisés parfois les résultats sont contradictoires. Cependant, l’association internationale de la société pour les probiotiques et les prébiotiques reconnaît l’utilisation des probiotiques pour ces conditions (2) :
- Aide à réduire l’incidence et la durée de la diarrhée associée aux antibiotiques
- Aide à gérer l’inconfort digestif (y compris dans le syndrome du côlon irritable)
- Aide à réduire les symptômes de coliques chez les bébés allaités et l’apparition de problèmes atopiques tels que l’eczéma chez les nourrissons
- Aide à réduire l’entérocolite nécrosante chez les nourrissons prématurés (3)
- Aide à réduire les symptômes de la mauvaise digestion du lactose
- Traitement de la diarrhée infectieuse pédiatrique aiguë
- Diminution du risque ou de la durée des infections des voies respiratoires supérieures (comme le rhume) ou des infections intestinales
Y a-t-il des avantages à prendre des compléments alimentaires postbiotiques?
Le mot postbiotique est « un composé de « biotique », défini comme « relatif à ou résultant d’organismes vivants », et « post », un préfixe signifiant « après ». Ensemble, ces termes suggèrent « après la vie » ; c’est-à-dire des organismes non vivants ». Une définition proposée est « la préparation de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants qui confère un avantage pour la santé de l’hôte ».
Les postbiotiques sont encore très récents, très peu d’essais cliniques ont été réalisés à ce jour. Cependant, les études indiquent des avantages pour la santé pour les types de conditions suivants :
- éradication de l’infection à Helicobacter pylori
- réduction des symptômes chez les patients atteints du syndrome du côlon irritable (SCI)
- réduction des symptômes chez les patients souffrant de diarrhée chronique inexpliquée
- abrogation des effets négatifs du stress
De nombreux autres essais cliniques sont en cours !
Salminen, S., Collado, M.C., Endo, A. et al. The International Scientific Association of Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of postbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol (2021). https://doi.org/10.1038/s41575-021-00440-6
Quelles sont les bactéries les plus favorables à avoir dans votre microbiome buccal et comment cultivez-vous un microbiome buccal sain ?
La bouche n’est pas un environnement homogène pour le microbiote résident, mais offre plusieurs habitats distincts pour la colonisation microbienne, tels que les dents, le sillon gingival, la gencive attachée, la langue, la joue, la lèvre et le palais dur et mou. Ces habitats oraux forment un système écologique très hétérogène et soutiennent la croissance de communautés microbiennes très différentes. Les dents sont les seules surfaces naturelles qui ne perdent pas dans le corps humain et offrent des opportunités uniques pour la formation d’un biofilm étendu et un refuge sûr pour la persistance microbienne. Les premiers colonisateurs de la dent sont principalement des espèces streptococciques associées à la santé, telles que S. sanguinis et S. gordonii, ainsi que d’autres taxons étroitement apparentés. La colonisation ultérieure des dents par des espèces pathogènes, associée à un apport constant de glucides (sucres), peut entraîner des caries dentaires. Il existe quelques facteurs dérivés de l’hôte et des microbes qui peuvent contribuer à un microbiome buccal sain.
- Réduction de la plaque dentaire en l’éliminant (en se brossant les dents).
- Fluorure : Prévient et traite les caries en favorisant la reminéralisation de l’émail des dents. Il peut également altérer le métabolisme bactérien.
- Réduction de la quantité et de la fréquence de consommation de saccharose et de boissons acides (même celles sans sucre).
- Agents réduisant la production d’acide ou favorisant la génération alcaline au sein de la plaque dentaire (par exemple l’arginine).
- Augmentation du flux salivaire. La salive a la capacité d’aider à tamponner les acides, en fournissant des peptides et des anticorps antimicrobiens. Les chewing-gums contenant des polyols, tels que le xylitol, fournissent un stimulus salivaire sans glucides fermentables.
- Probiotiques : Ajout d’espèces non pathogènes pour supplanter les espèces pathogènes. Streptococcus dentisani et Streptococcus A12 sont deux espèces récemment décrites qui sont particulièrement prometteuses en tant que probiotiques potentiels.
- Peptides antimicrobiens (spécifiquement ciblés) : méthode ciblée pour éliminer des espèces pathogènes spécifiques telles que S. mutans, tout en laissant les streptocoques commensaux indemnes.
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.03323/full https://www.nature.com/articles/sj.bdj.2016.865
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